AlmaLinux 9をインストールした際の注意点についてメモを追加していきます
C/C++/Fortranの開発環境、python3 をインストールしていることを前提としています
問題点:
dnf でうまくいかない場合、yumに読み替えてください
OSのupdate。パッケージでエラーが起こったらオプションを追加
# dnf update -y --skip-broken --nobest
以下は必要に応じて
サーバ関連
python2がデフォルトになっているので、pythonコマンドをpython3.11にリンクする。
# cd /usr/bin
# rm python
# ln -s /usr/local/bin/python3 python
# ln -s /usr/local/bin/pip3 pip
# ln -s /usr/local/bin/python2 python2
これをやるとyumなどで失敗するので、以下のファイルのシェバン行をpython2に変更する
/usr/bin/yum
/usr/libexec/urlgrabber-ext-down
/usr/share/createrepo/genpkgmetadata.py
pipでのインストールの際、「致命的エラー: Python.h:
そのようなファイルやディレクトリはありません」
が出たら、
python-develをインストールしてください。
# yum install python-devel
% python -m pip install --upgrade pip
% pip install --upgrade setuptools
% pip install wheel
% pip install numpy scipy matplotlib seaborn scikit-learn chardet openpyxl
pandas pymatgen
% pip install BoltzTraP2
% pip install physbo #
bayes_gp_*.pyを使う場合。下記トラブルシューティング参考
% pip install python-docx python-pptx
poetry
# pip install poetry
pyOpenGL
# pip install pyopengl
i) Linuxの場合: freeglutをインストール
ii) Windowsの場合: freeglutのダイナミックリンクライブラリをインストール
a) URL: https://www.transmissionzero.co.uk/software/freeglut-devel/
からDL、展開
b) x64/freeglut.dllをC:\Windows\System32にコピー
c) pyOpenGLでfreeglut.dllを読み込むように設定
URL: https://hawk-tech-blog.com/python-opengl-install-pyopengl/
[python]/Lib\site-packages\OpenGL\platform\win32.py を編集
@baseplatform.lazy_property
def GLUT( self ):
for possible in ('freeglut%s.%s'%(size,vc,),
'freeglut', 'glut%s.%s'%(size,vc,)):
tkinter
% pip install tkinter #
下記トラブルシューティング参考
python/tkinterのインストール: python3.9.14がインストールされていましたが、pipではtkinterはインストールできません
（packageが見つかりません）。
Linuxのパッケージ管理ツール (yum, dnf, apt-get)
でインストールします。
# dnfinstall python-tkinter (Linux versionによってはpython3.11-tkinter,
python3-tkinter
(AlmaLinux8),
python3-tkなど)
Perlの注意: use encodeがobsoleteになったため、use utf8を使い、スクリプトはutf8で保存する必要あり。その他、調整が必要
cpanコマンドがインストールされていない場合
# dnf list available perl-CPAN
VASP.plに必要なモジュールのインストール
・研究用プログラム関係
# cpan install Jcode File::Copy::Recursive Math:Matrix Math::MatrixReal
Math::Vector::Real
・その他
# cpan install CGI CGI::Carp MIME::Lite Digest::SHA1 HTTP:Cookies
Perl GUIプログラムに必要なモジュール: perl/tkのインストール
参考: https://izumisy.work/entry/Perl/Tk%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB
AlmaLinux9で、ライブラリが足りない場合に内部コンパイルエラーが起こって
??? だったので、先にインストールしておく。
# dnf install libX11-devel libXft-devel libpng-devel zlib-devel libjpeg-devel
1．まずcpanでインストールできるか試す
# cpan install Tk
2. だめな場合、dnfを試す
# dnf install perl-tk
3. あるいは、tar ballからインストール
# python -m pip install --upgrade pip setuptools
URL: https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/toolkits.html
URL: http://www.wannier.org/download/
URL: https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/articles/technical/building-vasp-with-intel-mkl-and-intel-compilers.html
https://www.vasp.at/wiki/index.php/Installing_VASP.6.X.X
https://www.xlsoft.com/jp/blog/intel/2021/10/29/building-vasp-with-intel-mkl-and-intel-compilers/
https://www.vasp.at/wiki/index.php/Makefile.include
http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
Windowsでは、全ての機能を使えません。また、Windows11では、互換性設定で Windows 8 環境に設定する必要があります。
https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts.html
https://github.com/raman-sc/VASP
Test AMSET
AlmaLinux8では動作しています
URL: http://www.xcrysden.org/doc/install.html
AlmaLinux8では動作しています (gtk3 .bz2版で確認)
URL: https://jp-minerals.org/vesta/jp/
pymatgenなど、python3.9以降が必要な場合があります。AlmaLinux8の場合は標準がpython3.6なので、自力でインストールします。
参考: https://mebee.info/2021/04/24/post-33243/
# dnf groupinstall 'development tools'
# dnf install bzip2-devel expat-devel gdbm-devel ncurses-devel \
openssl-devel readline-devel \
sqlite-devel tk-devel xz-devel zlib-devel wget
https://www.python.org/downloads/source/ で最新版バージョンを確認
% VERSION=3.10.1 % wget https://www.python.org/ftp/python/${VERSION}/Python-${VERSION}.tgz % tar -xf Python-${VERSION}.tgz % cd Python-${VERSION} % ./configure --enable-optimizations % make -j 1 # sudo make altinstall
インストール場所の確認 % which python3.10