ここでは後述のように、パスワード無しSSHアクセスの設定が完了していること (id_rsaがクライアントに作られ、TSUBAMEポータルに登録されている) を前提とします。
ここではMobaXtermによる、SSH/X11-Forwardの設定を説明します。
# 最新のpython3を使えるようにする
module load python
alias python python3
# User specific configuration
export HDRoot=/gs/hs0/tga-xxx
# グループのルートディレクトリ。実際に合わせて変更
export AccountName=hogehoge-a-aa #
TSUBAMEアカウント。実際に合わせて変更
export HomeDirName=hogehoge
# 実際に合わせて変更
export RealHomeDir=/home/0/${AccountName}
# ユーザの本物のホームディレクトリ
export WorkHomeDir=${HDRoot}/usr/${HomeDirName}
# ユーザのログイン時の作業ディレクトリ
export BinRoot=${HDRoot}/bin
# 共通実行ファイル。obsoleなので、将来変更する
export DataRoot=$HDRoot
#
グループのファイルのルートディレクトリ。基本的にグループのルートディレクトリ
#source $DataRoot/scripts/.bashrc-local
# 古いログインスクリプト(共通追加設定)
source $DataRoot/share/scripts/.bashrc-local-tubame
# 2023/8/8以降のログインスクリプト(共通追加設定)。tkProgを実行するのに必須
cd $WorkHomeDir
# general
export TMOUT=0
HostName=`hostname`
ulimit -s unlimited
# used for sgroup to symmetrize structures
export WIENROOT=/home/share/WIEN2k
# tkProg関連変数
export tkProg_Root=$HDRoot/share/tkProg
# tkProgルートディレクトリ
export tkprog_X_path=$tkProg_Root/tkprog_Linux
# Linux用 python/perl/bash スクリプト
export tklib_Root=$tkProg_Root/tklib
# 自作python/perlライブラリ
export tkpythonlib=$tklib_Root/python
# 自作pythonライブラリ
export tkperllib=$tklib_Root/Perl
# 自作perlライブラリ
export tkdb_Root=$tkProg_Root/tkdb
# tkProg データベースルート
export tkdb_path=$tkdb_Root/Databases
# tkProg 共通データベースファイル
export tkprog_path=$tkProg_Root/tkprog
# 古いｐｅｒｌプログラム等。徐々に $tkprog_X_path へ以降中
export tkapp_path=$tkProg_Root/tkapp_Linux
# Linux用実行ファイル。bader, vaspkitなど
export BinRoot=$HDRoot/share/tkProg/bin
# tkProg共通実行ファイル。x-open.sh, energy など
export MYAPPROOT=$tkProg_Root
#
古いapplicationルートディレクトリ。obsoleteなので、将来削除
export MYBINDIR=$MYAPPROOT/bin
# 古い実行ファイルディレクトリ。obsoleteなので、将来削除
export MYAPPDIR=$MYAPPROOT/bin
# 古いapplicationディレクトリ。obsoleteなので、将来削除
export PYTHONPATH=$tklib_Root/python:$PYTHONPATH
# pythonが自作ライブラリを探すための設定
export PERL5LIB=$tklib_Root/Perl/lib:$PERL5LIB
# perlが自作ライブラリを探すための設定
# perl モジュールを $HDRoot/share/perl5
にインストールするための設定
# cpanコマンドでモジュールをインストールすると、$PERL_LOCAL_LIB_ROOT以下にインストールされる
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT="[HDRoot]/share/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"
export PERL_MB_OPT="--install_base \"/gs/hs0/tgd-mts/share/perl5\""
export PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/gs/hs0/tgd-mts/share/perl5"
export PERL5LIB="/gs/hs0/tgd-mts/share/perl5/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"
export PERL5PATH=~/perl5/lib/perl5:$PERL5PATH
# For perl and python scripts
export TkDatabasesDir=$tkdb_path/Databases
export TkPerlDir=$tkprog_path/Perl
export TkPlotDir=$tkprog_X_path/TkPlot
export TkPythonDir=$tkprog_X_path
export PythonVASPDir=$tkprog_X_path/VASP
# VASP, vaspkit, $tkProg_Root/bin
にpathを通しておく
export PATH="$HDRoot/share/vasp.6.3.2/bin:$PATH"
export PATH="$PATH:$tkProg_Root/tkapp_Linux/vaspkit/bin"
export PATH="$BinRoot:$PATH"
# aliases
2グループ間のファイルを同期
alias rsync_to="rsync -rtuv /gs/hs0/tga-xxx/{bin,perl5,scripts}
/gs/hs0/tgd-yyy"
alias rsync_back="rsync -rtuv /gs/hs0/tgd-yyy/{bin,perl5,scripts} /gs/hs0/tga-xxx"
# Launcher用alias
alias pylauncher='python3 $tkprog_X_path/Launcher/Launcher.py'
alias vlauncher='python3 $tkprog_X_path/Launcher/Launcher.py -s=VASP'
VASP:
1. cd /gs/hs0/tga-kklab/usr/tkamiya/VASP-5.4.4
2. make veryclean
3. make
p4vasp:
/gs/hs0/tga-xxx/lib, includeに必要なインクルードファイル、ライブラリィが入っている。
1. cd /gs/hs0/tgd-mts/src
2. tar xvf p4vasp-0.3.30.tgz
3. cd p4vasp-0.3.30
4. ./install-local.sh
glu:
1. cd /gs/hs0/tgd-mts/src
2. bunzip2 glu-9.0.0.tar.bz2
3. tar xv glu-9.0.0.tar 8. cd glu-9.0.0
4. ./configure
5. make all
CXX src/libnurbs/nurbtess/sampleMonoPoly.lo
CXX src/libnurbs/nurbtess/sampledLine.lo
CXX src/libnurbs/nurbtess/searchTree.lo
CXXLD libGLU.la
ubuntu/WSLでのp4vaspインストール
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
$ sudo apt-get install p4vasp
TSUBAMEではパスワードによる認証は許可されていないので、クライアントでssh公開鍵を作り、TSUBAMEポータルで登録する。
クライアント (PC、ソフト)
を変えたら、公開鍵を登録しなおす
TSUBAMEポータルでアカウント追加依頼
SSH公開鍵の発行
$ ssh-keygen
$ more ~/.ssh/id_rsa.pub
画面テキストをコピーしてTSUBAMEポータルのSSH公開鍵登録に（改行が入らないように）貼り付ける
あるいは id_rsa.pubをアップロードする
WSL2では、Windowsのドライブは/mnt/c
などにマウントされているので、
$ cp ~/.ssh/id_rsa.pub /mnt/d
とすると、Dドライブにコピーできる。
クライアントからTSUBAMEへログイン
グループディレクトリに自分のディレクトリを作る
.bashrc作成
CIFSによるアクセスは学内からの接続に限定
参考: https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/handbook.ja/storage/
マウントがうまくいかない場合：
Windowsの資格情報マネージャを
> rundll32.exe keymgr.dll,KRShowKeyMgr
で起動し、サーバの登録情報を削除してやり直す
参考: https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/handbook.ja/storage/
WinSCPの設定例 (https://winscp.net/eng/download.php)
テストファイルのコピー
$ cp -r /gs/hs0/tga-xxx/vasp-example-Zr2Si /gs/hs0/tga-xxx/usr/$UserName/vasp
$ cd /gs/hs0/tga-xxx/usr/$UserName/vasp/vasp-example-Zr2Si
$ qvasp
これでjobを投げたら
$ qstat
で確認。
qw なら queue waiting状態。
何もでなければ終わっている。
出力結果が保存されているはず
qvaspでは、job queueに登録するための、jobスクリプトを生成し、実行する。
jobスクリプトの作り方は
https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/documents
の 2017.8.4 TSUBAMEガイダンス を参照。
共有フォルダをマウント https://qiita.com/mdstoy/items/54925cdcbca6d558b666
vim command https://qiita.com/TD3P/items/0510bee10bcfd88afeee
Windowsの資格情報マネージャ: rundll32.exe keymgr.dll,KRShowKeyMgr